Après la 2ème cour, se trouve un grand espace qui comprend plusieurs salles hypostyles et le saint des saints. A part les chapelles et les murs de côté, les colonnes et les murs internes de cet espace ont été arasés. On ne peut comprendre l'agencement qu'avec le plan de Chicago qui montre l'ensemble du sanctuaire.
Le sanctuaire était protégé par une double porte d'aspect monumental. On y rendait un culte à "tous les dieux qui sont dans le ciel" et à "tous les dieux qui sont dans la terra". D'où un enchevêtrement de chapelles jadis peuplées de statues, de reposoirs de barques, de tous les objets du culte. Il fallait être pur pour y entrer.