Le Saint des saints du temple se trouvait dans la chapelle n°38 juste derrière le reposoir de la barque d'Amon.  Ce reposoir comportait 4 piliers carrés maintenant arasés et décorés de figures humaines adorant les dieux dans le ciel et sur la terre. Pour y accéder, il existait deux portes : une qui fermait la petite salle et une autre entre les 2 premiers piliers. On peut en voir les trous de fixation et le montant sur le pilier de devant, ainsi que de petits trous en bas, restes du système de fixation d'une plaque en métal précieux. Entre le pilier et la paroi, un mur écran obstruait le passage. Tout autour, les parois ne comportent plus que les pieds des personnages formant les scènes.

Le saint des saints forme la partie Ouest du temple. La chapelle 38, le véritable saint des saints, comportait une fausse porte. Les chapelles 39 et 44 étaient des vestibules permettant d'accéder aux chapelles le long du mur qui servaient, sans doute, à conserver les objets les plus précieux du temple.  Les chapelles 41 et 46 devaient contenir elles-aussi les représentations d'Amon les plus sacrées.