Le temple de Dendera est le seul temple à posséder un tel nombre de cryptes, soit 11 au totel  Ces cryptes sont placées dans l'épaisseur des murs sur  les  côtés du temple : 3 au sous-sol des côtés est, Sud et Ouest; 3 au rez-de-chaussée pour les mêmes cotés et à l'étage , une pour le côté Ouest et 2 pour les autres côtés.
Les cryptes en sous-sol servent de fondation au batiment. Elles seules portent le nom de Ptolémée Aulère XII qui fit construire le temple. Elles ont été construites entre 54 et 51  Av. J.C, date de la mort de Ptolémée XII.
Chacun de ces groupes de cryptes a une fonction différente ; préparation des fêtes pour celles du sous-sol; théologique au rez-de-chaussée et utilitaires à l'étage.  Ces lieux sacrés sont interdits aux profanes et réservés aux initiés.
Des statuess ancielles de grande dimension ont été murées dans la crypte sous l'esacalier oriental.  Une satue en bois de Nout à tête de serpent mesurait une coudée de haut.
Pour le sous-sol, seule la crypte du côté Sud peut être visitée. Les autres sont fermées  à cause de pillages clandestins. S.CauvilleM, Ibrahim Ali, Dendara.., Les cryptes, p.111)