Le sanctuaire est situé dans l'axe du temple, après le vestibule. Cette salle mesure 5,5 mètres de large sur 10,60 mètres de long. Le soleil y pénétré par l'enfilade des portes.
La barque visible au premier plan est une réplique moderne de la barque sacré d'Horus. Le naos massif à l'arrière plan date de Nectanebo, soit bien avant les Ptolémée. Les parois sont décorées de scènes du rituel journalier d''offrandes.